El problema que está describiendo es, muy probablemente, no relacionado con Braintree, porque, desde el punto de vista técnico, a la puerta de enlace “no le importa” si tiene dos cuentas comerciales (o subcuentas) diferentes en monedas diferentes.
Para transferir fondos a su cuenta en el Reino Unido, Braintree está utilizando BACS (sistema de débito directo, con sede en Londres). Me parece que es BACS, que puede estar bloqueando depósitos en su cuenta en EUR (aunque no soy un experto).
Por lo tanto, es posible que tenga problemas no porque pueda usar solo la moneda local (del país donde se encuentra su banco), sino porque todo el sistema bancario no admite el mecanismo que necesita (aquí hay algunos artículos que podrían ayudar: aceptar pagos con tarjeta de crédito en diferentes monedas (Paylosophy, manejo de transferencias de cuentas bancarias en todo el mundo).
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Por si acaso, puede recurrir a Paysafe. Simpportan tanto BACS como SEPA. Tal vez, puedan ayudarlo con el manejo de sus dos cuentas.